非淋球菌性细菌性关节炎是一种严重的疾病，病死率为5％～10％。25％～40％的患者有关节损伤与功能障碍。预后与多种因素有关，包括感染的长期性、细菌的特性、累及的关节、宿主的抵御能力以及一些治疗原则的应用等。但根据美国蒙大拿州立生物医学中心统计，即使得到及时有效的治疗，非淋球菌性化脓性关节炎仍比淋球菌性关节炎有更高的并发症、致残率及致死率。